Okulumuz, 1962 – 1963 Eğitim Öğretim yılında 3 derslik, 3 öğretmen ve 230 öğrenci ile eğitim öğretime başlamıştır. O yıllarda Didim İlkokulu olan okulumuzun adı, 1987 yılında "Yenihisar İlkokulu" olarak değiştirilmiştir.

1981 – 1986 – 1991 yıllarında mevcut binalara ek bina ve derslikler ilave edilmiştir. Zorunlu İlköğretim Yasasının kabulünden sonra, okulumuzun ihtiyacı olan yeni binamız devlet tarafından yaptırılarak, 1998 – 1999 Eğitim Öğretim yılında dönemin Milli Eğitim Bakanı Hikmet ULUĞBAY tarafından, Atatürk İlköğretim Okulu adıyla hizmete açılmıştır.

4+4+4 Eğitim sistemi okulumuzda 2012 – 2013 Eğitim Öğretim Yılı'nda uygulanmıştır. O dönem Atatürk İlkokulu ve Atatürk Ortaokulu olarak 2070 öğrencisiyle Aydın'ın en büyük okullarından olmuştur. Okulumuz, 2013 – 2014 Eğitim Öğretim Yılı itibariyle ortaokul bünyesinden ayrılarak sadece Atatürk İlkokulu olarak eğitim öğretim sürecine devam etmiştir.